URL正規化に使用されるlink rel="canonical"ですが、これを設定しても反応が悪いと感じるケースがいくつかありました。正規化の効き目が悪いと感じることがあったのですが、よく見てみると相対リンクで指定していたため、これが原因だったのではないかと感じております。
グーグルヘルプにも「相対パスではなく絶対パスを使用します。」との記述がありますので、rel="canonical"で正規化する際には絶対リンクにするべきです。
これの理由についてですが、相対パスの場合、「wwwあり・なし」に加え、最近では常時SSL化が必須の要素とされていますので、「httpsとhttp」の２つのバージョンもあるかと思います。合計で４つのバージョンが考えられますので、相対リンクの場合はどれが正しいURLなのかの判断がつきづらいのではないかと感じています。
一義的に決まる絶対リンクで設定しておいた方が検索エンジンフレンドリーですし、検索エンジンフレンドリーであるということは、すなわちSEO対策であるともいえるわけです。
これはおそらく、携帯ページを指定する際のmedia="handheld"のようなタグでも同様のことがいえるのではないでしょうか？
URLを指定するような場合には一義的に決まる絶対リンクで指定することをおすすめします。
ちなみに、この"canonical"の読み方についてですが、「カノニカル」というのだそうです。ずっとカノニアルと呼んでいたのですが、正しくは「カノニカル」だったようですね。